Tujuan rencana stratejik merupakan implementasi dari pernyataan misi yang akan dicapai dalam jangka waktu 1-5 tahun. Dengan diformulasikan tujuan rencana stratejik, maka Badan Kepegawaian Daerah dapat secara cepat mengetahui apa yang harus dilaksanakan dalam mewujudkan visi dan misi dengan mempertimbangkan sumber daya dan kemampuan yang dimiliki. Untuk dapat mengukur keberhasilan, maka setiap tujuan Rencana Stratejik tersebut harus memiliki Strategi, Kebijakan, Sasaran dan Indikator Kinerja yang terukur.

Adapun tujuan Bada Kepegawaian Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara sebagai berikut :

1. Mewujudkan aparatur pemerintah yang baik dan berkualitas.
2. Mewujudkan aparatur yang profesional.
3. Mewujudkan PNS yang sejahtera.
4. Mencapai kapasitas Badan Kepegawaian Daerah Kabupaten Penajam Paser Utara dalam rangka meningkatkan Kinerja Organisasi.